HR được các tế bào sống sử dụng rất phổ biến để sửa chữa các sai sót có hại xảy ra trên cả hai mạch đơn ADN khi nhân đôi, theo cơ chế double-strand breaks (viết tắt: DSB, tức là phá vỡ sợi đôi). Quá trình tái tổ hợp tương đồng có thể tạo ra tổ hợp gen mới trong giảm phân, khi hình thành giao tử của sinh vật bậc cao (eukaryote). Nó cũng xảy ra ở vi khuẩn trong quá trình chuyển gen ngang để trao đổi vật liệu di truyền giữa các chủng vi khuẩn. Nhờ đó, tạo điều kiện cho các quần thể có nhiều biến dị thích nghi trong tiến hóa.[1]
Ngoài vai trò đầu tiên của HR là khả năng phát sinh các alen mới, cung cấp sự đa dạng di truyền giúp chọn lọc tự nhiên hoạt động, thì vai trò thứ hai của HR là được tế bào sử dụng để sửa chữa một số loại tổn thương ADN nhất định giúp cân bằng trong của hệ gen. Thứ ba: ở một số trường hợp ngoại lệ, tái tổ hợp tương đồng là cần thiết cho sự phân hoá thích hợp các nhiễm sắc thể tương đồng trong giảm phân.[9]
